پس از موفقیت انقلاب در سال ۱۳۵۷ دانشگاه‌های ایران به مدت سه سال تعطیل شدند. این تعطیلی در پی بازشدن دفاتر سازمانها واحزاب سیاسی دردانشگاه ها اوایل سال ۱۳۵۹ روی داد و تا سه سال ادامه داشت رویدادهایی که به" انقلاب فرهنگی" شهره گشت. هدف چنین انقلابی که مورد حمایت خمینی و نیز مانند انقلاب سیاسی به رهبری او بود، اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها ، بستن این دفاترو" پاک سازی "استادان و دانشجویان مخالف رژیم اسلامی، بدست حزب الله عنوان شد.
خمینی در فروردین سال ۵۹ بر تصفیه و "پاکسازی" دانشگاه ها تاکید کرده وگفت : « باید "انقلاب اسلامی" در تمام دانشگاه‌های سراسر ایران به وجود آید تا اساتیدی که در ارتباط با شرق و یا غرب اند تصفیه گردند و دانشگاه محیط "سالمی" شود برای تدریس علوم "اسلامی" ».
به دنبال این پیام نوروزی بود که فاز اجرایی" انقلاب فرهنگی" آغاز شد. چند روز بعد بود که رییس شهربانی وقت در بخشنامه‌ای از مسئولان دانشگاه‌ها خواست که از صدور مجوز برگزاری مراسم برای احزاب سیاسی در دانشگاه‌ها خودداری کنند.
حالا نوبت حزب الله بود که انقلاب فرهنگی را ادامه دهند. در ۲۱ فروردین ۱۳۵۹ دانشگاه تبریز شاهد تظاهراتی بود که بر علیه تشکل‌های دانشجویی غیرهم سو و غیر خودی با جریان اسلامی به وقوع پیوست و دانشجویان مسلمان پیرو "خط امام " حزب اللهی با اشغال ساختمان مرکزی دانشگاه اعلام کردند تا زمانی که "پاکسازی" دانشجویان، اساتید و کارکنان اجرا نشود آنجا را ترک نخواهند کرد.
خمینی، در دیدار با اعضای شورای انقلاب گفت که« ما از محاصره اقتصادی و تجاوز نظامی نمی‌هراسیم ما از دانشگاه‌های غربی و آموزش جوانان ما در جهت منافع شرق و غرب می‌هراسیم. »از این رو شورای انقلاب حزب الله در همین روز به گروه‌های سیاسی داخل دانشگاه فرصتی سه روزه داد تا دانشگاه را تخلیه کنند. درگیری دانشجویان حزب الله ، با دیگر گروه‌های سیاسی که ساز نا کوک و غیر اسلامی داشتند در دانشگاه‌های تهران، شیراز، بابلسر، کرج و جهرم از جانب حزب الله به خشونت کشیده شد.
در روز اول اردیبهشت که آخرین روز مهلت شورای انقلاب بود، خشونت‌ها به ویژه در دانشگاه تهران به اوج رسید و پس از آن که به گزارش روزنامه کیهان : «349 نفر زخمی و ۳ تن کشته شدند دانشجویان پیشگام وابسته به سازمان چریک‌های فدایی خلق به عنوان بزرگترین گروه مقاومت کننده، تخلیه دفتر خود در دانشگاه تهران را پذیرفتند ».
قریب به دو ماه بعد از آغاز انقلاب فرهنگی بود که خمینی در ۲۳ خرداد همان سال دستور تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی را صادر کرد.
پس از آغاز دانشگاه‌ها در مهر ماه ۱۳۶۲ دانشگاه‌ها دگرگون شده بود، اما چرا انقلاب فرهنگی صورت گرفت.؟ خمینی با کمک حزب الله در پی حذف گفتمان مخالفان بودند. گفتمانی که در دانشگاه جریان داشت و اسلام حکومتی را نمی‌پذیرفت. علاوه بر این مساله به نظر می‌رسد که تغییر فرهنگ حگومت قبلی نیز مد نظر بوده است، ایده اسلامی استقلال از غرب و شرق حالا باید در دانشگاه‌ها هم به موفقیت می‌رسید. نگاهی به نظر عوامل انقلاب فرهنگی نشان می‌دهد که هدف انقلاب در نظر عوامل آن چنین بوده است.
نجفقلی حبیبی، که از سوی ستاد انقلاب فرهنگی به مدیریت دانشگاه الزهرا منصوب شده بود معتقد است صورت گرفتن یک انقلاب فرهنگی برعلیه فرهنگ رژیم قبل ضروری بود و از این رو باید «اقداماتی در جهت پاکسازی دانشگاه‌ها» و دیگر نهادهای اجتماعی صورت می گرفت. وی معتقد است که انقلاب فرهنگی خواست اسلام‌گرایان نبود و همه انقلابیون خواهان آن بودند.
باهنر، چند ماه قبل از بسته شدن سه دلیل برای تعطیلی دانشگاه‌ها آورد : «از یک سو نظام دانشگاهی متناسب با نظام "جمهوری" اسلامی نبود، [گروه‌هایی که] از سوی جامعه طرد شده‌اند، به این فکر افتادند تا محیط دانشگاه را به پایگاهی برای خود تبدیل کنند، و از همین رو در دانشگاه‌ها مراکزی برای جاسوسی و توطئه و شایعه‌پراکنی و فعالیت‌های ضد انقلابی ایجاد کرده بودند و از سوی دیگر تعداد دانشگاه‌ها و موقعیت جغرافیایی آن‌ها و رابطه این نهادها با میزان نیروی انسانی‌ای که برای این مراکز استاد تربین می‌کنند با یکدیگر تناسب نداشتند ».
عبدالمجید معادیخواه، راه یافته دوره اول به مجلس اسلامى نیز کمابیش به وجود دشمنان انقلاب در دانشگاه اشاره می‌کند او معتقد است که : «دانشگاه تبدیل شده به سنگری برای مجموعه‌هایی که نمی‌خواستند با حرکت مردمی انقلاب همسو شوند و قشرهایی از نخبگان جامعه نمی خواستند این واقعیت را قبول کنند و باب بگو مگو و درگیری را شروع کردند.»
دو اردیبهشت ۱۳۹۲ / ۲۲ آوریل ۲۰۱۳